Clostridium botulinum có mặt trong các môi trường đất, nước, trong ruột động vật như cá, gia súc, trong ruột người, trong thịt, rau quả...[3] Từ các nguồn trên, vi khuẩn này có mặt trong đồ hộp thịt và các sản phẩm thịt, trong sản phẩm rau quả chế biến và nhiễm vào cơ thể người, sinh độc tố và gây bệnh.

Trong khi đó, Vibrio cholerae chủ yếu có trong môi trường nước biển, trong thủy sản tươi sống và các sản phẩm thủy sản, từ đó nhiễm vào cơ thể người và gây bệnh.

Một số vi khuẩn khác có trong phân người, phân động vật sau đó nhiễm chéo vào nguyên liệu và sản phẩm thực phẩm trước khi đi vào cơ thể người và sinh độc tố. Ngoài ra, một số vi khuẩn sinh độc tố có thể nhiễm trực tiếp từ vật chủ sang cơ thể người mà không qua con đường ăn uống.

Một loại thực phẩm có thể chứa nhiều vi khuẩn gây bệnh, đặc biệt là các thực phẩm giàu dinh dưỡng như thịt, cá, trứng, sữa. Ví dụ trong các sản phẩm thịt có thể xuất hiện nhiều loài vi khuẩn, trong số đó có nhiều loài sinh độc tố như Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Salmonella spp., Staphylococcus aureus, Bacillius cereus, E. coli...[4] Ngược lại, một loài vi khuẩn có thể có mặt trong nhiều loại thực phẩm khác nhau và sản sinh một hoặc nhiều loại độc tố. Ví dụ: các loài Salmonella có mặt trong hầu hết các loại thực phẩm, chúng có thể sinh các độc tố enterotoxin và cytotoxin[5].